Jutaan tahun lalu terjadi proses geologi pada pertemuan laut Banda dan Flores yang kini terletak di tenggara Sulawesi, mengangkat karang di bawah permukaan air laut ke atas menciptakan gugusan kepulauan dengan empat pulau besar bernama Wangi-wangi, Kaledupa, Tomia dan Binongko. Keempat pulau ini yang kemudian disingkat dan dikenal dengan istilah Wakatobi. Dengan daratan berupa batuan karang, hampir tidak ada lumpur atau debu yang terbawa oleh erosi sehingga perairan di sekitar pulau sangat bersih. Di dalamnya, terdapat padang lamun dan terumbu karang yang luasnya sampai 90.000 hektar. Pada wilayah yang memiliki status sebagai taman nasional ini dapat dijumpai suatu atol karang sepanjang 48 km bernama Atol Kaledupa yang dinobatkan sebagai atol terpanjang di dunia. Kondisi lingkungan ini menciptakan kekayaan bahari luar biasa di Wakatobi sehingga dijuluki jantung segitiga karang dunia (heart of coral triangle).
Surga bawah laut di Wakatobi memang merupakan dambaan bagi para penyelam (divers) dengan lebih dari 60 titik penyelaman telah teridentifikasi. Kepulauan ini juga ideal bagi para penggemar pantai karena kehadiran pantai-pantai berpasir putih nan elok, pemandangan menawan dan suasana tenang. Pintu gerbang masuk ke kawasan ini adalah Pulau Wangi-wangi yang merupakan pulau terbesar di Wakatobi tempat Bandara Matahora dan pusat pemerintahan kabupaten berada. Fasilitas disini memadai seperti hotel kelas melati, restoran, bank, rumah sakit, atau toko serba ada bahkan sebuah resor mewah di daerah Patuno. Disini Anda bisa snorkeling, mengunjungi reruntuhan benteng, melihat kehidupan suku pengembara laut Bajo atau sekedar membeli hasil tangkapan laut di pasar tradisional. Pulau Kaledupa adalah tujuan berikutnya. Di sini ada danau air asin yang sangat jernih, gua-gua berornamen indah dan kampung suku Bajo dengan rumah di atas airnya. Daerah tujuan utama untuk didatangi di Kaledupa adalah Pulau Hoga, lokasi wisata penelitian internasional. Selain itu, adapula Pulau Tomia yang memiliki taman-taman laut yang begitu indah dan dive resort kelas atas. Pulau besar paling ujung selatan Wakatobi adalah Binongko yang merupakan tempat paling terisolasi dan tanpa fasilitas. Yang paling banyak dijumpai adalah gua-gua alami dengan kolam-kolam air asin serta tempat para perajin pandai besi berada.
